• Annexe I : (espèces les plus menacées) : mouvements internationaux en règle générale interdits, sauf :
  dérogations générales, portant notamment sur les animaux issus d’élevages agréés, sur les plantes reproduites en pépinières enregistrées et sur les spécimens dits « pré-Convention » (c’est à dire acquis avant que la CITES ne devienne applicable pour la première fois à l’espèce considérée) ; dérogations particulières, portant notamment sur les transactions non commerciales (importations à des fins scientifiques, éducatives) et sur certains objets personnels (trophées de chasse)

• Annexe II : (espèces dont le commerce international doit être réglementé pour éviter la surexploitation) :
  mouvements internationaux autorisés sous couvert de permis et de certificats délivrés par les autorités nationales. Ces documents, ainsi que leur adéquation avec les spécimens qu’ils accompagnent, sont contrôlés en douanes. Ils sont délivrés sur preuve de la légalité des spécimens et sur avis scientifique que le mode d’obtention des spécimens n’est pas préjudiciable à l’espèce considérée. 96 % des espèces inscrites à la CITES figurent à l’annexe II

• Annexe III : espèces qu’un État protège sur son territoire et pour lesquelles il demande l’assistance de la communauté internationale pour contrôler ses exportations. Elles ne sont autorisées que si le pays exportateur a délivré un permis d’exportation attestant de leur origine licite.

La CITES est appliquée au sein de l’Union européenne par l’intermédiaire de règlements communautaires (ci après dénommés "règlements CITES") qui harmonisent l’application de la Convention dans tous les États membres de l’Union européenne et en renforcent certaines dispositions.

Toutes les espèces inscrites à la CITES, ainsi que d’autres espèces que la Communauté protège sur son territoire ou dont elle souhaite maîtriser les flux, sont inscrites dans 4 annexes communautaires A, B, C et D.

Pour résumer :

• l’annexe A communautaire correspond à l’annexe I CITES, plus certaines espèces auxquelles l’Union européenne souhaite conférer un statut de protection plus élevé : il s’agit d’espèces de l’annexe II ou III, ainsi que certaines espèces autochtones protégées par les Directives communautaires dites “Oiseaux” et « Habitat Faune Flore » ;
• l’annexe B correspond aux espèces de l’annexe II non inscrites à l’annexe A, à quelques espèces de l’annexe III et à certaines espèces « non CITES » constituant des menaces écologiques (espèces dites envahissantes) ;
• l’annexe C correspond aux espèces de l’annexe III qui ne sont pas inscrites aux annexes A ou B ;
• l’annexe D est constituée d’espèces qui ne sont pas inscrites à la CITES mais dont l’Union européenne désire surveiller les flux d’importation.

La réglementation française de protection de la nature a fixé par ailleurs un régime d’interdiction de certaines activités humaines (prélèvement, transport et commerce, notamment) portant sur des spécimens d’espèces protégées au titre du code de l’environnement, prélevés dans la nature en France ou sur le territoire européen des autres Etats membres UE. Cette réglementation nationale plus stricte prime sur les règlements CITES, le cas échéant.

Suite à la déconcentration des décisions administratives individuelles, les permis et certificats CITES sont délivrés depuis 2001 par les Directions Régionales de l’Environnement de l’Aménagement et du Logement (DREAL, ex DIREN). Ces services constituent les organes de gestion locaux, ci-après dénommés SD (services déconcentrés).